Os antigénios codificados pelo MHC podem ser agrupados em 3 classes:

  • classe I: corresponde a gliproteínas presentes em quase todas as células nucleadas. Estes antigénios de superfície (ou marcadores) ligam-se a antigénios de vírus ou bactérias que estão a infetar a célula, formando um complexo antigénio-MHC classe I, apresentado aos linfócitos T (TC).
  • classe II: expressa-se na maioria das células do sistema imunitário, especificamente nas células especializadas na apresentação de antigénios (células dendríticas, macrófagos e linfócitos B). Estes antigénios ligam-se aos antigénios estranhos de bactérias e a célula apresenta o complexo formado aos linfócitos T (TH).
  • classe III: codifica proteínas solúveis, como as do sistema de complemento.