Originalmente Linnaeus considerou três reinos: mineral, animal e vegetal.

Ao longo da história com os avanços tecnológicos e o aumento do conhecimento sobre os organismos, o número e nome dos reinos foi sofrendo alterações. Ernst Haeckel, em 1866, sugere o Reino Protista onde inclui organismos que não são nem animais nem plantas, como a Euglena. Incluía os organismos unicelulares e os multicelulares que não apresentassem diferenciação celular, incluindo assim as bactérias os protozoários e os fungos.

Em 1956, Herbert Copeland (1902-1968) define o Reino Monera em que inclui os seres vivos procariontes, com células sem núcleo individualizado. Segundo Copeland, no Reino Protista incluem-se todos os fungos e algas vermelhas e castanhas, no Reino Plantae os organismos que possuam clorofila (pigmento fotossintético) e que produzam amido, celulose e sacarose, e no Reino Protista os organismos eucariontes que não são animais nem plantas.

Mais recentemente Cavalier-Smith propôs a existência de 6 reinos (ver figura).

Atualmente o sistema de classificação aceite pela comunidade científica é composto por 7 taxa principais: Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Género e Espécie – do mais abrangente para o mais restrito, respetivamente.