É também uma reação de hipersensibilidade em que o sistema imunitário não reconhece os seus próprios antigénios. Esta reação pode ocorrer em tecidos específicos – na glândula tiroide (a doença de Graves), nas células β do pâncreas que são destruídas por ação de linfócitos T (diabetes de tipo1, insulinodependentes), em casos de esclerose múltipla em que os linfócitos T destroem a mielina dos neunórios, ou pode ocorrer em vários tecidos e/ou órgãos numa reação do tipo sistémico – lúpus eritematoso e a psoríase.

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