A aparência do complexo de Golgi varia de espécie para espécie mas possui estruturas básicas: os dictiossomas. Cada dictiossoma é composto por grupos de sáculos ou cisternas membranosas achatadas e empilhadas de forma regular, e por pequenas vesículas. A face convexa – região cis – virada para o RE é a face de formação das cisternas. A face côncava – face trans – é a face de maturação, onde se formam vesículas, e está virada para a membrana plasmática. O complexo de Golgi está envolvido na síntese de proteoglicanos, presentes na matriz extracelular das células animais, de carbohidratos, no transporte de lípidos e na produção de lisossomas e glicoproteínas.

Algumas das proteínas sintetizadas no RER são transportadas até ao complexo de Golgi em vesículas de transporte, onde sofrem transformações permitindo que algumas proteínas se tornem funcionais e/ou algumas enzimas sejam ativadas. Após terem sofrido as várias transformações ao longo das cisternas do complexo de Golgi no sentido cis-trans, as proteínas são envolvidas em vesículas que se formam na face de maturação do complexo, as vesículas de secreção ou lisossomas.

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