A primeira observação deste fenómeno terá sido em 1905 quando William Bateson, Edith Rebecca Saunders e Reginal C. Punnett repararam que os alelos (à data denominados por caracteres) para a cor das flores e para a forma dos grãos de pólen nas ervilhas, aparentemente estariam ligados, dado que as características eram transmitidas em conjunto (determinada cor está sempre associada a determinada forma do grão de pólen). Estes três cientistas realizaram experiências semelhantes aos cruzamentos dihibridos efetuados por Gregor Mendel com as ervilhas. Cruzaram ervilheiras homozigóticas dominantes com flores púrpura e grãos de pólen longos com ervilheiras homozigóticas recessivas com flores vermelhas e grãos de pólen redondos. A descendência F1 resultou toda com flores púrpura e grãos de pólen longos.

P1 Flores púrpura (PP), grãos de pólen longos (LL) x Flores vermelhas (pp), grãos de pólen redondos (ll)

F1 Flores púrpura (Pp), grãos de pólen longos (Ll)

O segundo cruzamento que efetuaram foi entre indivíduos F1, esperando uma geração F2 com uma proporção 9:3:3:1 (9 Flores púrpura, grãos de pólen longos (PPLL) : 3 Flores púrpura, grãos de pólen redondos (PPll, Ppll) : 3 flores vermelhas, grãos de pólen longos (ppLL, ppLl) : 1 flores vermelhas, grãos de pólen redondos (ppll).

No entanto, os resultados observados foram diferentes, desviando-se das proporções previstas por Mendel na Lei da segregação independente. Na F2 observaram que o numero de indivíduos com fenótipo parental (Flores púrpura, grãos de pólen longos e flores vermelhas, grãos de pólen redondos) era mais elevado do que o esperado.

Destes resultados os cientistas lançam a hipótese de que existiria uma ligação entre os alelos parentais para a cor da flor e a forma dos grãos de pólen, o que constitui um desvio à lei da segregação independente dos alelos.

A explicação só surgiria mais tarde quando Thomas H. Morgan, em 1911, ao estudar a hereditariedade nas moscas do vinagre reparou que a cor dos olhos estava associada ao sexo das moscas (ver entrada na wikiciências para Morgan). Estas observações levaram ao conceito de ligação fatorial, descrevendo como dois genes intimamente associados entre si num cromossomas são frequentemente transmitidos em conjunto. Pelo contrário, genes mais distantes entre si têm menos probabilidade de ser herdados juntos e, pois com maior probabilidade provavelmente serão separados durante a recombinação meiótica (rever o tópico sobre segregação independente de Mendel e a Meiose).

Um outro exemplo de ligação fatorial também nas moscas do vinagre (Drosophila melanogaster) foi confirmado em duas características – cor do corpo e tamanho das asas – que se encontram no mesmo cromossoma. Quanto mais próximos estiverem os genes no cromossoma, maior a probabilidade de serem transmitidos em conjunto.