Sob a ação de um campo elétrico, o sentido do movimento de uma partícula depende da respectiva carga global: as que apresentam uma carga global positiva - catiões – movem-se para o elétrodo negativo e as que apresentam uma carga global negativa - aniões – movem-se para o elétrodo positivo. A velocidade de migração de uma partícula depende ainda de outros fatores além da carga, dos quais os mais relevantes são o tamanho e forma da partícula; a intensidade do campo elétrico que é aplicado; e a natureza do meio de suporte.

As técnicas eletroforéticas podem ser divididas em dois grandes grupos:

(i) eletroforese de fronteira móvel (também chamada eletroforese em solução livre), que se processa na ausência de um meio de suporte, quando uma solução tamponada das macromoléculas em estudo é sujeita a um campo elétrico. Este foi o primeiro método de eletroforese, desenvolvido pelo bioquímico sueco Arne Tiselius na década de 30 do séc.XX e que lhe valeria o Nobel da Química em 1948.

(ii) eletroforese de zona, quando se utiliza uma matriz sólida saturada de solução tampão como suporte (papel, acetato de celulose, gel de agar, gel de de poliacrilamida). A existência do suporte aumenta a versatilidade da técnica e os componentes da amostra migram segundo zonas distintas separadas por eletrólito (solução tampão).